O extrator da DIRF passa por um processo de atualização junto à RFB, o que pode ocasionar variações nos valores apresentados. Caso identifique alguma inconsistência, realize a conferência comparando os valores do sistema com o totalizador de IRRF (S-5002) no eSocial. Estando os valores corretos no eSocial, é necessário aguardar a conclusão da atualização do extrator da DIRF.
No portal de Serviços da RFB, em Consultar Rendimentos Pagos e Retenções, após o acesso, no Demonstrativo Mensal, em Rendimentos e retenções > Rendimentos, deduções e retenções, clique na seta '>';
Consulte o detalhamento por código de receita da folha, verificando os valores de Rendimentos Tributáveis, Deduções, Imposto Retido e Rendimentos Isentos.
Os valores de imposto de renda são transmitidos ao eSocial por meio do evento S-1210 (Pagamentos), conforme a data do pagamento, que corresponde ao fato gerador, e essas informações compõem a base do extrator da DIRF. Para comparar os valores do sistema com os registrados no eSocial, observe as orientações a seguir:
No portal do eSocial, após o acesso, em Folha de Pagamento > Totalizadores > Empregador > Imposto de Renda. Informe o Período de Apuração (a competência deve estar fechada S-1299) e clique em Pesquisar.
Veja o detalhamento por código de receita, em Informações consolidadas do IRRF por Código de Receita - Mensal:
Acesse o menu: Relatórios > Impostos > Federais > Relação IRRF Funcionário.
Nesse relatório, valide:
Além do relatório mencionado, existe outra forma de conferência pela Área de trabalho do eSocial > Demonstrativos > Conferência DIRF eSocial/EFD-Reinf.

Para ajustar diferenças do IRRF utilize os materiais:
Conferência e Ajustes de Diferença de IRRF