Para consultar notas fiscais basta acessar a rotina: Operações > Faturamento > Todos > Notas Fiscais de Serviço
Marque as notas que deseja fazer o processo, selecione consultar e clique no botão de ação para realizar o processo.
Caso a nota não mudar de status para faturada, aguarde mais um momento para fazer uma nova consulta. Se demorar muito para fazer o processo verifique se a nota consta no portal da prefeitura, ou se não existe nenhuma lentidão do portal.