Mensagem: "Um ou mais nis existentes no Cadastro CNPJ não foram enviados no campo Estabelecimento".
Causa: O erro ocorre porque há uma filial ativa no PGDAS para a empresa, mas essa filial não está cadastrada no sistema.
Cadastre a filial no Gerenciador de Empresas e também no módulo Fiscal e, em seguida, faça o envio novamente.