Mensagem: "CPF não consta como responsável pela pessoa jurídica no CNPJ".
O número do CPF do responsável vinculado a empresa não consta como responsável pelo CNPJ no site do Simples Nacional.
Acesse: Operações > Rotinas Societários > Empresas.
Abra o cadastro da empresa e no campo Configurações Gerais, informe o Sócio Responsável que seja o responsável legal na Receita.