Mensagem: Um ou mais nis enviados no estabelecimento não fazem parte da empresa de acordo com o Cadastro CNPJ.
Causa: Há uma filial cadastrada no sistema para a empresa, porém essa filial já está baixada no PGDAS.
Acesse o cadastro da empresa no Gerenciador de Empresas, identifique qual filial corresponde ao CNPJ informado no erro e realize a baixa dessa filial no sistema.
A consulta a situação do CNPJ pode ser feita em: https://solucoes.receita.fazenda.gov.br/Servicos/cnpjreva/cnpjreva_Solicitacao.asp