Mensagem: "CPF não consta como responsável pela pessoa jurídica no CNPJ".
Causa: O número do CPF do responsável vinculado a empresa não consta como responsável pelo CNPJ no site do Simples Nacional.
Acesse o cadastro da empresa no Gerenciador de Empresas, vá até a aba Configurações Gerais, localize o campo "Sócio Responsável" e vincule o código do sócio que consta como responsável pelo CNPJ no site do Simples Nacional.
Após ajustar, retorne ao painel Controle de Transmissão e acione a ação “Reenviar para Transmissão”.